L'intero complesso architettonico si distribuisce intorno ad una corte che accoglie un grande pozzo, forse l'elemento più significativo dell'intero Baglio. Esso è composto da una gebbia di falda interrata ed una grande vasca di raccolta dell'acqua, anticamente collegata ad un sistema di saie per la distribuzione delle acque d'irrigazione.
Assecondando l'organizzazione esistente i corpi di fabbrica possono essere raggruppati in tre distinti aggregati:
La grande area di pertinenza, comprendente una vasta zona agricola sarà interamente destinata per le attività di scavo e attrezzata per la visita.
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In corrispondenza dei locali esterni del corpo di fabbrica destinato ai laboratori, la copertura accoglie un elemento orizzontale che re-interpreta in chiave contemporanea l'antico camminamento sopraelevato di osservazione e difesa. Questa promenade, vera e propria piazza sospesa, rappresenta l'elemento di continuità tra il centro archeologico, il centro museale ed il parco.
Le attività e le funzioni relative agli spazi disponibili saranno distribuite in stretta connessione con le modalità aggregative e di fruizione previste dai servizi.